O Centro Universitário de Araraquara teve sua origem no Colégio São Bento de Araraquara em 1943 e, após uma trajetória bem sucedida na oferta de escolaridade secundária – ginasial e colegial -, abraçou também a educação superior em 1968. Nessa nova etapa, a Instituição – então denominada Faculdade de Ciências Econômicas e Administrativas de Araraquara – despontou na região como pioneira na formação de bacharéis nessas áreas de conhecimento e de atuação profissional.
Com a instalação subsequente da Faculdade de Direito (1970) e da Faculdade de Educação (1971) foi criada a Federação das Faculdades Isoladas de Araraquara – Fefiara –, em 1972, que congregou as faculdades existentes. Nesse contexto institucional a Instituição passou a ofertar, gradativamente, os cursos de Administração, Ciências Econômicas, Direito, Estudos Sociais (licenciatura de 1º grau), História e Geografia (licenciaturas plenas), e Pedagogia (licenciatura plena com habilitações em Administração Escolar, Orientação Educacional e Magistério das Matérias Pedagógicas de 2º Grau). Assim, bacharelado e licenciatura foram assumidos pela IES.
Sua fecunda história de Instituição de Educação Superior voltada para cursos de graduação, destinados à formação de bacharéis e licenciados, foi motivação essencial para a oferta de novos cursos, em 1994, o curso de Ciências, com Habilitação em Matemática (licenciatura plena) e o curso de Ciências Biológicas, com ênfase em Ciências Ambientais (licenciatura plena e bacharelado).
Ao longo desse mesmo processo histórico, a Fefiara comprometeu-se com diversas iniciativas voltadas para a extensão universitária as quais foram, gradualmente, solidificando a vocação global da Instituição:
De fato, a trajetória da Instituição a insere no contexto da própria história da cidade e da região no qual ela se destaca, simultaneamente, como centro educacional, pólo regional de prestação de serviços à comunidade e exemplo de participação da iniciativa privada na solução de seus problemas.
Em novembro de 1997, pelo Decreto publicado no D.O.U. nº. 20, seção 1, a Fefiara tornou-se o Centro Universitário de Araraquara - Uniara: Instituição de Educação Superior com os cursos de graduação em Administração de Empresas, Ciências Biológicas, Ciências Econômicas, Direito, História, Matemática e Pedagogia e com diversas iniciativas voltadas para a extensão de serviços à comunidade local e à região.
No período 1998-2000 ampliou gradativamente sua oferta de cursos de graduação por meio dos seguintes: Arquitetura e Urbanismo; Ciência da Computação; Biomedicina; Comunicação Social: Jornalismo; Comunicação Social: Publicidade e Propaganda; Educação Física; Engenharia de Produção; Fisioterapia; Fonoaudiologia, Nutrição; Turismo.
Na esfera da graduação ofereceu em 2006 25 cursos que, classificados por Áreas de Conhecimento, conforme o CNPq, assim se agrupam:
Desde 1999, a Instituição passou a projetar-se como espaço formal de produção de conhecimento científico com a criação da Coordenação de Iniciação Científica e, a partir de 2000, também com a criação do Centro integrado de Pesquisa e, em 2003, com a recomendação pela Capes do Programa de Pós-Graduação – Mestrado – em Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente.
Na esfera da Pós-Graduação Stricto-Sensu – Mestrado_ cabe mencionar o Programa de Mestrado em Desenvolvimento Regional e Meio Ambiente, que iniciou o ano de 2006 com 42 dissertações defendidas. Para 2007, estão sendo preparados, por meio do desenvolvimento de pesquisas e estudos, mais dois programas de Pós-Graduação, para serem submetidos a Capes nos próximos meses, ambos de caráter multidisciplinar, nas áreas da saúde e das organizações. Nos dois casos, destacamos a forte ênfase na questão das inovações e da difusão e desenvolvimento de novos conhecimentos e tecnologias no âmbito regional.